骷髅旗——也就是一个骷髅加上两根交叉骨头的旗帜绝对是海盗的标志。虽然来源已不可考，但很多人认为这个词其实是来自法语单词JOLI，“非常红”的意思。从前的海盗们用这个词来描述船桅上高高飘扬的血色旗帜。不管它源自何处，骷髅旗的作用是没有争议的——将恐惧之箭深深射入海上猎物的心底。以前的海盗在平时使用称为“假色”的任意国国旗，而战时则升起“真色”——骷髅旗，来联络，以及恐吓那些牺牲品。
在18世纪时，第一面海盗旗由艾曼纽·韦恩船长在加勒比海升起。多数情况下，海盗在追逐猎物时，升起白色旗帜，表明身份——有时猎物会因此降下国王的旗帜而屈服；如果猎物拒绝投降，则升起黑白两色旗帜，表明意图；而若猎物继续逃窜，或是海盗船长过于残暴的话，红色旗帜会在桅顶飘扬，意思是一旦捕获猎物，不留任何活口。当然，海盗旗上的图形也是为了表达其特定含义而被设计出来的。